二代试管养囊的成功率低，主要是由于二代试管所针对的人群特殊性。二代试管又称为单精子卵胞浆内注射，简称ICSI，养囊率低的原因主要在于男性因素引起的不孕，比如严重的少精症、弱精症、畸精症以及梗阻性无精症等，由于男性的精子质量比较差，从而导致形成的受精卵质量相对较低，在养囊的过程中可能会被自然淘汰，因此，二代试管受精卵养囊的成功率会相对较低。
此外，影响养囊成功率的因素不只是精子的质量，女性卵子的质量也可能会导致养囊成功率低，主要是由于女性年龄较大，卵子数目相对较少，且质量也相对降低，进而导致受精率进一步下降，从而导致养囊成功率也较低。如果进行二代试管养囊的实验室条件较差，或者操作不严格，也有可能影响到二代试管养囊的成功率。
